Ο Ιωάννης Βατάτζης δεν ήταν αφελής. Ήξερε ότι ο Πάπας (είτε ο Γρηγόριος Θ’ είτε ο Ιννοκέντιος Δ’) δεν υπήρχε περίπτωση να δεχθεί τις θέσεις των ορθοδόξων για την ένωση των εκκλησιών. Ο Διονύσιος Ζακυθηνός αναφέρει το λόγο που ο αυτοκράτορας της Νίκαιας εμπλέκονταν στο θέμα της ενώσεως των εκκλησιών: «Διά να εξουδετερώνη τας επεμβάσεις της Αγίας έδρας, η αυτοκρατορική διπλωματία προέβαλλεν εκάστοτε μετά πολλής δεξιότητος το προσφιλές εις τους ποντίφηκας θέμα της ενώσεως των εκκλησιών, βραδύτερον δε επεδίωξε την ισορροπίαν των δυνάμεων διά της παρεμβάσεως εις καθολικωτέρας συγκρούσεις. Ανανεώνουσα πάλαιαν βυζαντινήν παράδοσιν, ηκολούθησε την γερμανικήν συμμαχίαν, την οποίαν ανήγαγε εις θεμελιώδη προσανατολισμόν της εξωτερικής πολιτικής. Η φιλία μετά του Φρειδερίκου του Β’ του Χοενστάουφεν, αντιπάλου της Αγίας έδρας, επέτρεψεν ιδιαιτέρως εις τον Ιωάννην τον Βατάτζην επωφελείς συνδυασμούς».